Tháng 12, 1530 cha chồng bà Hoàng Đế Babur băng hà, Humayun lên ngôi ở tuổi 23, và bà trở thành hoàng hậu ở tuổi 19.[1][1]

Năm 1531, hoàng hậu rời Kabul đến Agra, nơi mà bà thông báo rằng mình có thai thêm lần hai và hạ sinh ra một công chúa mang tên Aqiqa Sultan Begum.[1] 1539, Bega cùng chồng đến Chausa, Bengal, nơi mà sau này bà bị Sher Shah Suri bắt làm tù nhân, sau một cuộc tấn công bất ngờ nhằm vào lãnh thổ Mogul bởi quân đội của Sher Shah.

Sáng ngày 26 tháng sáu 1539, Humayun biết việc bà bị giam cầm, ngay lập tức ông phóng trên một con ngựa cùng với bốn nhà quý tộc, Tardi Beg, Baba Beg, Koch Beg,MrBachka Bahadur. Nỗ lực để cứu hoàng hậu, họ đã cố gắng để chiến đấu.[1]

Trong khi bị giam cầm, hoàng hậu đã được đối xử sự vô cùng lịch sự.[1]

Goá phụ

Khi Humayun băng năm 1556, Bega  vô cùng đau buồn và dành cả cuộc đời còn lại của bà để xây dựng một lăng mộ lớn và tráng lệ nhất đế chế, ở gần Sông Yamuna, Delhi để tưởng niệm tiên hoàng.[4]

Năm 1564, Bega Begum tiến hành một cuộc hành hương đến Mecca và Medina cùng với chị chồng bà, Gulbadan Begum, nhưng trước khi đi, bà đã sắp xếp cho việc xây dựng của lăng mộ bằng chính tiền của bà.[1] 1567, Bà quay trở về sau cuộc hành hương,[1] sau đó bà sống ẩn dật tai Delhi và giám sát các dự án.

Bega Begum cũng có quan tâm đến vấn đề giáo dục và vì vậy, bà cho xây một madrasa gần lăng mộ.